Khoa Môi Trường được thành lập theo quyết định số 96/QĐ/ĐHQG/TCCB ngày 28 tháng 9 năm 1999. Khoa trực thuộc trường Đại học Bách Khoa, Đại học Quốc gia Thành Phố Hồ Chí Minh. Khoa Môi Trường đã được danh hiệu Khoa Xuất Sắc năm 2000, 2001 và 2002.